I 1935 startede Barks på Disneystudierne. Efter få måneders grundtræning fik han overdraget det utaknemmelige og kedelige arbejde som mellemtegner, dvs. at han blot var én af mange anonyme personer, der tegnede bevægelsescellerne mellem to bevægelser, som de dygtigste - og senere i filmene også krediterede - tegnere allerede havde færdiggjort. Men det lysnede snart efter, da Barks blev overflyttet til story-afdelingen, hvor han blev sat sammen med notalibiliteter som Harry Reeves og senere også Jack Hannah, med hvem han fik et tæt samarbejde resten af sin Disneytid.

Ansættelse i story-afdelingen betød, at Barks fik til opgave at finde på historier og nedfælde dem som en serie af skitser på en stor tavle. Derved lærte han to håndværk, som han senere i sin tegneseriekarriere skulle få stor gavn af - udvælgelse og komprimering af de bedste ideer.
Mange af skitserne blev ustandseligt byttet rundt eller endog fjernet fra tavlen for at sikre en jævnt glidende historie i tegnefilmene. Barks lavede selv hovedparten af de løse skitser til de tegnefilm, han var involveret i, fordi han var hurtig til både at opfatte og nedfælde ideerne på papir, hvilket var helt uvurderlige egenskaber at have, når tankerne flød frit.

Under Anden Verdenskrigs første år blev Disneystudierne dybt engagerede i uddannelses- og instruktionstegnefilm, og disse var ingen udfordring for det blomstrende talent i Barks, så i 1942 besluttede han definitivt at kvitte sit sikre job og starte for sig selv. Men de 8 år havde givet ham en solid platform for historiefortælling og tegning, på hvilken han var enerådende i de kommende mange år.

Barks ved storyboardet til Good Scouts i 1937. Harry Reeves klovner